新疆维吾尔自治区土木建筑学会于1960年2月经杨润贵、徐鸿烈等人发起，组织了新疆土木建筑学会筹委会。筹委会采取边组织边活动方式，于1963年3月召开第1次会员代表大会，正式成立新疆土木建筑学会。1966年“文革”开始后，学会活动陷于停顿。1978年5月恢复学会工作，并对学会会员（包括个人、团体会员）进行了重新登记。鉴于铁路、公路已有全国性学会，为此决定将新疆土木建筑学会分设新疆建筑、铁道、公路等学会。
1979年6月召开第2次会员代表大会，选举产生第二届理事会。1984年7月换届产生第三届理事会，其间根据中国土木工程学会通知的要求，学会名称于1986年5月恢复为新疆土木建筑学会。 1990年6月换届，产生第四届理事会。1994年6月召开了第5次会员代表大会选举产生了第五届理事会。1998年9月召开了第6次会员代表大会，选举产生了第七届理事会，理事长甫拉提·乌马尔，副理事长孙国城、王小东、丁志干、钟波、朱甫泉、袁金西、张振东、刘、覃力，秘书长由覃力担任。名誉理事长阿不来提·阿不都热西提、艾力更、依明巴海、张国文、李建新。本届理事会根据新疆地区建设发展的特点和需要调整、撤并设立了19个专业专业委员会，即：建筑师分会（建筑学专业专业委员会）、建筑结构专业专业委员会、建筑电气专业专业委员会、热能动力专业专业委员会、暖通空调专业专业委员会、工程勘察专业专业委员会、规划与建筑环境专业专业委员会、村镇建设专业专业委员会、给排水专业专业委员会、风景园林专业专业委员会、建筑经济专业专业委员会、建筑施工专业专业委员会、工程新材料、新技术应用与产业化专业专业委员会、市政工程专业专业委员会、城市燃气专业专业委员会、建筑机械专业专业委员会、建设工程项目管理专业专业委员会、建筑节能专业专业委员会和网络信息专业专业委员会。16个地、州、市建立以各地、州、市冠名的土木建筑学会，为新疆土木建筑学会的分会。现发展有58个团体会员单位，个人会员3000多人。
学会1995年创办了《新疆土木建筑》期刊（季刊），1998年3月通过了新疆维吾尔自治区新闻出版局审查，现已成为我区建筑行业学术交流的内部刊物，在学会会员及兄弟省、市建筑学会中具有一定影响力。2002年，学会对会刊进行了大幅度改版，突出了刊物论文质量、技术信息量，增加了名人、学术带头人的专题，树立了杂志权威性与技术水准。
学会广泛开展学术交流活动，组织学术报告会，自第5届大会至今，组织各类学术报告200多场次，参会人员数万人次，出版论文集7期。专业专业委员会积极组织专业技术培训班100多期，培训各类人员近万人。这在一定程度上提高了新疆建筑业人员素质，在保证工程质量上取得了可喜成绩。学会各专业委员会始终把新技术、新产品、新工艺的推广应用、技术开发、技术咨询放在首位，充分发挥了学会的服务职能。
第7次会员代表大会根据中国科学技术协会《关于推进所属全国性学会改革的意见》精神，修改了学会的章程和组织条例，建立以会员为主体，突出个人会员在学会中的作用，将一批资深专家会员组织成立了专家委员会，根据大专院校在校高年级的要求同意接收学生会员，本会和各专业委员会以及各地、州、市土木建筑学会，积极组织开展各种专业学术交流、科技咨询服务、科普教育等工作。